Az esztergomi Keresztény Múzeum Magyarország leggazdagabb egyházi gyűjteménye, amely a Prímási palota második emeletén tekinthető meg. A Keresztény Múzeum működteti a bazilikában található Mindszenty-emlékhelyet és kiállítóhelyei vannak az Ószemináriumemeletén, ahol a modern műalkotások állandó kiállítását tervezik.
A múzeumot Simor János (1813–1891) esztergomi érsek, hercegprímás alapította, amikor a prímási palotában lévő magángyűjteményét intézményesítette. Célja az volt, hogy Esztergomot gazdag kulturális központtá tegye. Figyelemmel kísérte a külföldi árveréseket, művészeknél megrendeléseket tett. A létrejött hatalmas magángyűjteményből 1875. október 12-én nyílt meg a Prímási Kép- és Metszvénytár 206 középkori és 19. századi festménnyel. Simor 1878-ban 42 000 líráért megvásárolta a 60 darabból álló Bertinelli-gyűjteményt. Jelenlegi helyére 1882-ben került a tárlat. A Keresztény Múzeum nevet akkor vette fel, amikor Simor 1887-ben intézményesítette.
Simor halála után a Főszékesegyházra szálltak a műkincsek. A gyűjtemény Csernoch János prímássága alatt jelentősen bővült. 1919 januárjában került került Esztergomba az Ipolyi-gyűjtemény Nagyváradról, emellett adományokból is gyarapodott a múzeum. A II. világháború után a múzeumot nem államosították, de a Balassa Bálint Múzeum igazgatása alá helyezték 1952-ben. A kiállítást 1954-ben újrarendezték, az időszakos kiállítások 1955 óta láthatók. 1982-ben Lékai László bíboros a palota földszintjén három újabb termet rendezett be az időszakos tárlatok számára.
A múzeum gyűjteményében található az ország harmadik legjelentősebb festészeti kollekciója, magyar, olasz, németalföldi, német és osztrák festményekkel. A késő középkori alkotások, mint például Kolozsvári Tamás Kálvária-oltára, a garamszentbenedeki úrkoporsó vagy MS Mester Passióképei mellett jelentős az újkori festészeti, az iparművészeti és a több mint 5000 lapot számláló grafikai anyaguk is. Állandó kiállításukat a Prímási Palota második emeletén tekinthetjük meg.